依据国务院印发的《生物产业发展规划》、农业农村部印发的《农业绿色发展技术导则(2018-2030年)》等一系列文件对微生物肥料产业提出的要求，结合微生物肥料多功能、高效、绿色、经济等特点和新一代微生物肥料所具备的主动响应、系统调控、功能多样、环境友好等智能型肥料特征，充分发挥微生物肥料在土壤修复改良、作物提质增效、减肥增效等方面不可替代的作用，以满足国家农业绿色发展的需要。为此，我们提出未来5～10年，我国微生物肥料产业优先研发的7项新技术分别是:微生物肥料优良生产菌株筛选及发酵工艺技术、微生物农田土壤净化修复技术、共生固氮微生物应用新技术、微生物种子包衣技术、有机资源综合利用微生物转化新技术、作物秸秆快速腐解还田微生物及其配套技术、新型复合配套技术。  
       
未来5～10年重点研发应用产品分别为:土壤修复菌剂、固氮及根瘤菌剂、溶磷菌剂、微生物种子包衣制剂、有机物料腐熟菌剂、生物有机肥、复合微生物肥料等。这些新产品的特点及应具备的特征如下：
(1)土壤修复菌剂:对蔬菜、果树、草药、烟草等重茬土壤、酸性土壤、盐碱土壤和次生盐渍化土壤的有效修复，以及对土壤中的农药残留、土壤中的除草剂残留等高效降解。该产品对修复土壤和维护土壤健康，及在保证农产品安全中不可缺少。

(2)固氮及根瘤菌剂:应具备与作物亲和性强、固氮高效、环境适应广、竞争性或定殖能力强的特征。主要的根瘤菌菌剂包括大豆根瘤菌剂、花生根瘤菌剂、紫云英根瘤菌剂、苜蓿根瘤菌剂。该产品在化学氮肥减施，实现豆科与禾本科粮食作物轮作效应，以及农业种植结构调整中均有非凡意义。
(3)高效溶磷菌剂:对土壤中的难溶性磷具有持续、高效的活化作用。优先研发真菌溶磷制剂，对活化土壤磷素养分，提高磷肥利用效率，改善土壤养分均衡供应等效果彰显，经济生态效益巨大。

(4)微生物种子包衣制剂:将功能微生物包裹在作物种子表面，发挥促生作用，构建优良根系微生物的独特功效;将扩大微生物肥料产品的使用范围;当前主要是研发应用新一代的根瘤菌大豆种衣制剂。该产品潜在市场大，对减肥减药效果不可估量。
(5)特色有机物料腐熟菌剂(也称发酵菌剂):研发适用于不同作物秸杆、不同气候条件、不同栽培耕作模式的专用型快速腐熟菌剂。该产品为秸秆畜禽粪便等有机资源利用所急需。
(6)新型的复合微生物肥料:应具备对养分高效持续活化、或有效拮抗病源微生物、或提升农产品品质的复合微生物肥料;优先研发微生物与腐殖酸等复合微生物肥料，拓展在减肥增效、水肥一体化及设施农业中的应用。
    (7)新型生物有机肥及其他新功能产品:突出生物有机肥的基础性功能，扩大在国家生态示范区、绿色和有机农产品基地的应用。研发生物硅肥，以及在西北等干旱区域前景广阔的抗旱菌剂等新功能产品。